La estructura de gobierno del Instituto Superior de Música está compuesta por el/la Director/a de la institución y por la Comisión Asesora del ISM

El Director es designado por el Consejo Directivo de la Facultad de Humanidades y Ciencias, a propuesta de la Comisión Asesora, su mandato dura cuatro años y puede reelegirse en una oportunidad.

La Comisión Asesora del Instituto Superior de Música es el máximo órgano de gobierno del ISM. Está integrada por el/la Director/a de la institución, seis Docentes, tres Graduados/as, tres Estudiantes y un/a No Docente.

Todos los miembros son elegidos por sus pares, y la duración del mandato varía según el estamento.